崇左市属亚热带湿润季风区，一月平均气温13.8℃，七月平均气温28.1℃，年平均气温20.8℃-22.4℃，无霜期为330天以上，江州区更高达364天，降雨量为1088-1799毫米，降雨量最多的地方是大新县下雷镇，市区及扶绥、宁明两县年平均降雨量在1250毫米以下。春旱灾害较为频繁，八九月份受热带风暴影响易发水灾。

    崇左日照充足，年日照量1800小时以上，十分有利于发展亚热带作物。全市耕地面积22.84万公顷，人均约0.1公顷（合1.51亩）。森林面积7190平方公里，全市森林覆盖率超过40%，素有“绿色宝库”之称。崇左是全国重要的蔗糖生产基地和亚热带名优水果生产基地。主要经济作物有甘蔗、水稻、玉米、蔬菜、木薯、剑麻、油料、豆类等；农林特产主要有优质大米、茶叶、八角、茴油、桂皮、松脂等；荔枝、龙眼、香蕉、菠萝、柑橙等名优水果和指天椒、桑蚕、苦丁茶等富有南国特色的农作物遍布全市各县（市）。大新是全国六大龙眼生产基地县和“苦丁茶之乡”，天等县是全国指天椒生产基地，远销港澳东南亚。全市动植物和矿产资源十分丰富。全市有植物资源2000多种，动物资源300多种。其中属国家重点保护的世界珍稀野生动物白头叶猴、云豹、冠斑犀鸟、黑叶猴、穿山甲等30多种，野生植物种类占全国1/4。已发现的矿产资源46种，探明储量的35种，主要矿产资源有锰、膨润土、重晶石、锌、滑石、金、银、稀土、石灰石等。锰矿储量为1.49亿吨，主要集中在大新县，储量居全国首位，占全国1/4强；宁明县膨润土储量6.08亿吨，属世界罕见的特大型矿。水力资源丰富，水力发电有很大潜力。崇左市丰富的土地、草场、甘蔗叶、水面等资源，适宜大力发展中草药、速丰林、花卉和水奶牛、肉用牛、瘦肉型猪、越香猪、黑山羊、优质肉用鸡、鸭、鹅、蜜蜂、优质淡水鱼等。