自古以来崇左为壮族先民骆越民族聚居之地。秦始皇三十三年（公元前214年），秦统一岭南地区后，设桂林、象、南海三郡，象郡治所临尘（今崇左市区）。今崇左、宁明、龙州、大新、靖西、德保等地都属象郡。公元前207年，秦亡，赵佗击并桂林、象郡，自立为南越武王，建南越国。汉元鼎六年（公元前111年）冬，汉灭南越。公元前106年，汉朝又分全国为13州刺史部，象郡属交趾刺史部（治所龙编县，今越南北江）。汉元凤五年（公元前76年）废象郡，属地归郁（郁）林郡（治所布山县，今广西桂平）。三国时，郁林属吴。永安七年（魏咸熙元年，公元264年）孙吴析交州分置广州（治所南海，今广州市），郁林郡为广州管辖。东晋大兴元年（公元318年），从郁林郡分出晋兴郡（治所晋兴县，今南宁市），崇左属晋兴郡晋城县（治所在今崇左与扶绥之间）地，历经南朝宋、齐、梁、陈4个朝代。隋属西原地。

    唐贞观元年（627年），置左江镇，分领思同、万形、万承、波州、上下恩城州。唐末设邕管羁縻太平州、左州。宋初沿袭唐制。仁宗年间，侬智高“大南国”起义，后被朝廷派狄青镇压。太宗太平兴国年间设左江道置太平寨（治今崇左）、永平寨（治今宁明县城）、古万寨（治今扶绥县西北）、永乐寨、横山寨等5寨。太平寨辖太平、万承、思同、上下思城、思明、结安等土州峒，永平寨辖宁明县大部地区，古万寨辖江州、左州，茗盈、全茗、镇远属邕州。皇祐五年（公元1053年），置崇善县，隶邕州都督府辖太平寨，县治在今新和镇岜关山东南1公里处的鳌石村（今旧址已废）。元世祖至元二十九年（公元1292年）闰六月改太平寨置太平路。太平路治所今城区太平镇，元末徙治驮卢，辖崇善、陀陵、罗阳、永糠4县和太平、左、养利、思同、思诚、安平、万承、全茗、镇远、茗盈、龙英、结安、结伦、都结等14个土州，辖境相当于今江州区大部、龙州县、大新县中部东部、天等县东部和隆安县西部。


    明朝朱元璋的朝臣提出，对广西少数民族，“宜如宋元制，录其酋长，以统其民”。洪武二年（公元1369年）七月改太平路为广西布政司左江道太平府，太平府治所初置驮卢团，洪武三年复还丽江（今太平镇），辖太平等16个土州和崇善等4个县。凭祥、江州直隶于广西布政司。嘉靖十九年（公元1540年）崇善县治由新和迁到太平府治太平镇附廊（县治设在太平镇南街当时的积庆寺内）。清初，思明府降为土府来属，龙州、下石西、江、凭祥、思陵5土州和罗白土县来属。雍正十年（公元1732年）析思明土府置土思州，十一年改思明州为宁明州，改思明土府为明江厅，省思诚土州入崇善县。

    民国元年（公元1911年）土左州、凭祥改为县。民国二年（公元1912年）撤销太平府府制，由省直接统辖各县。1917年，全省划分为6道，崇左地区属镇南道（治今龙州）。1921年8月，废除道制，各县行政由省直辖。1928年，撤销土江州、罗白县，并入崇善县。对实行土州制的地方继续“改土归流”，土司制度逐渐瓦解。1930年2月1日，在邓小平等领导下，举行了龙州起义，建立左江革命委员会,下辖龙州、崇善、凭祥、上金、养利、龙茗等县革命委员会。解放前夕，大部分属第七行政督察区，小部分属第四、第六行政督察区。第七区，治龙津（今龙州）。辖龙津、崇善、左县、凭祥、宁明、明江、上金、雷平、万承、养利、思乐等11个县。扶南、绥渌、同正3个县（今扶绥县）在第四区。镇结、龙茗、向都3个县（今天等县）在第六区。

    1949年12月19日，崇善县城解放；1950年1月14日，左县解放。中华人民共和国成立之初，左江地区属龙州专区。1951年4月，崇善县与左县合并为崇左县（1952年8月11日政务院批准），“崇左”因此得名。1951年5月，宁明、明江、凭祥三县合并为镇南县，龙津县和上金县合并为龙津上金联合县（后改丽江县）；6月，镇结县与向都县合并为镇向县；7月扶南、绥渌、同正3个县合并置扶绥县；9月镇向又与龙茗合并为镇都县（1957年4月更名天等县），雷平、万承、养利3个县合并置大新县。1951年10月19日，龙州专区更名为崇左专区。崇左专区下辖崇左、扶绥、镇南、思乐、丽江、大新、镇都、隆安、上思等9县。1952年8月崇左、宾阳两专区合并置邕宁专区（1953年4月23日政务院批准）。丽江县因与云南省丽江县同名，改称龙津县（1962年复名龙州县）。撤销镇南、思乐两县，合并置宁明县。1956年10月宁明县析凭祥市。1958年11月14日邕宁专区更名为南宁专区，1971年11月更名为南宁地区。2002年12月23日，国务院批准：撤销南宁地区和崇左县，设立地级崇左市，辖原南宁地区南部凭祥市和崇左、扶绥、镇南、思乐、丽江、大新、镇都、隆安、上思等县，地级崇左市设立江州区，以原崇左县的行政区域为江州区的行政区域。原南宁地区北部横县、马山、宾阳、上林四个县划归南宁市。2003年8月6日，崇左市正式挂牌成立。